P90X fordert deinen Körper einfach sehr intensiv, ausser die Yoga/Stretch (und Yoga ist da auch nicht zu unterschätzen) Routinen sind alle Einheiten so konzipiert dass dein Kreislauf richtig schön am rotieren ist. Versteh mich nicht falsch, das Programm bringt definitiv was und macht wenn man Spass daran gefunden hat sich zu fordern auch ordentlich Laune. Wobei es auf Dauer auch recht monoton wird, ich bin nach 60 Tage wieder zu Hanteln und joggen übergegangen.. Fang halt mal einfach eine bis zwei Wochen damit an ;)
Zu den Schuhen: Freerunschuhe sollen, wie der Name schon sagt, Barfusslaufen simulieren. Das ist super um die meist verkümmerte Fussmuskulatur zu stärken, stellt aber auch gleichzeitig ne ungewohnte Belastung dar. Und das kann definitiv Ursache deiner Schmerzen sein. Ich bin aber auch kein Experte, lass dich mal innem Schuhgeschäft oder speziellem Forum beraten.